Esta secretaría administrativa maneja los asuntos académico-administrativos del personal académico del SIC y constituye la estructura central de la Coordinación. Su responsable funge también como secretario del CTIC y de ella depende la Secretaría Técnica del CTIC. Esta última lleva las convocatorias, el orden del día y las actas de las sesiones, organiza, acopia y distribuye la documentación que analizarán los consejeros, tanto en el pleno como en las distintas comisiones, y resguarda el archivo del CTIC, memoria histórica del Consejo y de cada uno de los académicos del Subsistema. La SA incluye otras cuatro secretarías técnicas.